Gakusen Toshi Asterisk Musim ke-2 melanjutkan kisah murid Genestella, Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang berhasil melaju ke babak selanjutnya di Phoenix Festa setelah melalui pertarungan yang panjang dan berat melawan kakak-beradik Irene dan Priscilla Urzaiz.
Terlepas dari usaha terbaik Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel sudah bukan rahasia lagi. Kini dengan posisi yang kurang menguntungkan, keduanya harus membuat rencana jika mereka ingin memiliki harapan untuk memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah yang menghadang mereka akan semakin sulit diatasi mulai saat ini.
