Grisaia: Phantom Trigger. Beberapa tahun setelah The Fruit of Grisaia… Yang dulunya dikenal sebagai “Akademi Mihama”, tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, kini telah berubah menjadi sekolah pelatihan SORD (Special Organization for Research & Development) yang bertujuan mencetak talenta untuk pertahanan nasional. Rena dan Maki ahli dalam penggunaan senjata api, Tohka dan Gumi unggul dalam penembakan jarak jauh, Chris menangani bahan peledak dan pemrosesan data, sementara Murasaki adalah ninja terampil dalam operasi intelijen.
Bersama-sama, mereka menangani kasus-kasus yang terlalu rumit untuk polisi atau Pasukan Bela Diri, terus-menerus menghadapi misi yang berbahaya. Kisah para gadis muda ini, terlukis dengan darah dan bubuk mesiu.
